Zgodnie z wytycznymi Europejskiej Grupy Przeszczepiania Szpiku do przeszczepienia komórek macierzystych (pochodzenia auto- lub allogenicznego) są kwalifikowani chorzy z następującymi rorozpoznaniami:

• Ostre białaczki
• Przewlekła białaczka szpikowa i inne zespoły mieloproliferacyjne
• Zespoły mielodysplastyczne
• Chłoniaki
• Ziarnica złośliwa
• Anemie:
• - Anemia Fanconiego
• - Anemia aplastyczna
• - Nocna napadowa hemoglobinuria
• Wrodzone niedobory odpornościowe i choroby metaboliczne
• Ciężkie schorzenia autoimmunologiczne
• Guzy lite:
• - Drobnokomórkowy rak płuca (SCLC)
• - Rak jajnika
• - Rak jadra
• - Rak sutka